Le CERNA a en charge, avec l'université Paris Dauphine, le doctorat en Economie de PSL. Ce doctorat est rattaché à l’Ecole Doctorale « Sciences de la Décision, des Organisations, de la Société et de l'Echange » (SDOSE_543) de Paris Sciences et Lettres. Pierre Fleckinger est responsable de la spécualité économie. 

Nous accordons une grande importance à la formation doctorale. Nous organisons un séminaire spécifiquement dédié aux doctorants et favorisons plus généralement une grande interaction avec les chercheurs du laboratoire. 

Les doctorants ont des profils variés (diplômés d’écoles d’ingénieurs, d’universités françaises ou d’universités étrangères). Leurs travaux s’inscrivent dans les différents axes de recherches du CERNA : économie industrielle, économie de l'innovation, économie de l'énergie, économie de l'environnement. Conformément à la méthode de recherche du CERNA, ils combinent ambition académique et pertinence pour les acteurs économiques (entreprises, autorités de régulation). Les débouchés pour les anciens docteurs sont variés : recherche académique, administration, conseil, institutions financières, organisations internationales.